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Einfluss von Mutationen in SARS-CoV-2 Spikeprotein-Gen auf den Nachweis mit dem MutaPLEX® Coronavirus real time RT-PCR Kit (Immundiagnostik AG).
Bei in silico Analysen von Immundiagnostik wurden die folgenden Spike-Protein Gen-Mutationen untersucht. Dieser Sequenz-Abgleich wurde mittels der weltweit verfügbaren Datenbanken NCBI und GISAID (EpiCov™) durchgeführt.
Dabei zeigte keine der folgenden Mutationen einen Einfluss auf Sensitivität und Spezifität der MutaPLEX® Coronavirus real time RT-PCR:
P337S, F338L, V341I, F342L, A344S, A348S, N354D, A352S, S359N, V367F, N370S, A372T, A372S, F377L, K378N, K378R, P384L, T385A, T393P, V395I, E406Q, R408I, Q409E, Q414R, Q414E, K417N, A435S, W436R, N439K, N440K, K444R, V445F, G446V, G446S, L452R, Y453F, F456L, F456E, K458R, K458Q, E471Q, I472V, G476S, S477R, S477I, S477N, T478I, P479S, N481D, G482S, V483A, V483I, G485S, F486S, F490S, S494P, P499R, N501Y, V503F, Y505C, Y508H, A520V, A520S, P521S, P521R, A522V, A522S, D614G, D405V, Q414A, P681H, R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P
Zusätzlich zeigen die Deletionen in den Positionen 69-70 und Position 144 keinen Einfluss auf den RT-PCR-Nachweis. Die genannten Deletionen sind in der lineage B.1.1.7 (VOC 202012/01, Rambaut et al., Preliminary genomic characterization of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations, Dec 2020) enthalten.
Der MutaPLEX® Coronavirus real time RT-PCR Kit detektiert somit das Spike-Protein-Gen von SARS-CoV‑2 ohne Beeinflussung durch eine dieser vorab genannten Mutationen.
